Program tahfidzul qur’an MTs Plus Al Hidayah Kroya adalah program unggulan yang didirikan sejak tahun 2018 hingga sekarang. peogram ini memiliki banyak sekali santriwan dan santriwati dari berbagai daerah. di program ini memiliki standar yang lumayan bagus, dengan jaminan mutu hafalan minimal 5 juz hingga terbanyak mencapai 15 juz selama 3 tahun. selain itu untuk fasilitas asrama juga sudah dapat menampung hingga ratusan santri tahfidz. gedung santri putra beada disatu khusus putra dengan bangunan 2 lantai yang megah. sedangkan untuk asrama santri putri berada disatu lokasi khusus putri dengan bangunan 2 lantai. dengan fasilitas yang baik dan memadai maka kegiatan hafalan dan mengaji santri dapat lebih efektif dan tertata.
